Stjórn Faxaflóahafna sf. tekur ákvörðun um úthlutun lóða og setur þá skilmála sem við eiga hverju sinni. Lóðum Faxaflóahafna sf. er úthlutað á nafn/nöfn umsækjenda. Allar nýjar lóðir, sem Faxaflóahafnir úthluta notendum eru annað hvort á landfyllingum eða landi, sem hefur verið formað og tekið niður í rétta landhæð til byggingar og frágangs lóðar.